Nel 1990 viene attuata la riforma dell'ordinamento della scuola elementare, la quale concorre alla prima formazione dell'uomo e del cittadino, e accompagna lo sviluppo della personalità infantile e la prima alfabetizzazione culturale. In questo momento ha inizio anche lo studio della Lingua straniera, che garantisce la continuità con la scuola media in cui questa disciplina è obbligatoria.
Viene dunque consolidata la prospettiva verticale della formazione scolastica, attraverso la quale viene assicurato il raccordo del processo educativo, curricolare e organizzativo dalla scuola materna, a quella elementare, a quella media e così via. Con la varietà e complessità dei saperi e degli stimoli educativi, viene inoltre data importanza alla modularità (e quindi all’introduzione di una pluralità di docenti per la stessa classe, in sostituzione del maestro unico), che rende più semplice la gestione dell'insegnamento.
Nel 1991 la ‘’scuola materna’’ divenne “scuola dell’infanzia” e non svolge più la sola funzione di assistenza dell’infante e preparazione alla scuola dell’obbligo, ma inserisce al centro del processo educativo il bambino e la sua personalità, concorrendo al suo sviluppo affettivo, sociale, cognitivo e psicomotorio, e accompagnandolo nell’acquisizione di autonomia e creatività, valorizzando le capacità individuali e proseguendo l’orientamento educativo dei genitori.
Nel 1997 ha inizio progressivamente la Scuola dell'Autonomia, ispirata ai principi di decentramento, secondo cui la scuola è definita come "scuola-servizio" che pone la sua attenzione sulla realtà scolastica finalizzata al successo formativo degli allievi, e di sussidiarietà. Di conseguenza, sia i singoli che le formazioni sociali come la famiglia sono riconosciuti come titolari di servizi alla persona.
Con l'autonomia le scuole si trovano costrette a stabilire un proprio Piano dell'offerta Formativa (oggi triennale PTOF), in rappresentazione della costruzione di una propria identità in rapporto anche alle risorse territoriali.
Nel 2000, infatti, lo Stato interrompe la pubblicazione di leggi che stabiliscono i Programmi Scolastici, e inizia a stabilire piuttosto, delle Indicazioni Nazionali, che stabiliscono delle linee guida sulla base delle quali ogni scuola deve stabilire il proprio piano dell'offerta formativa. Esse costituiscono un documento unico per tutte le scuole autonome, in sostituzione dei programmi ministeriali.
Nel 1999 l'obbligo scolastico è innalzato a 15 anni, e inizia ad alzarsi progressivamente, al fine di consentire il “conseguimento di un titolo di studio di scuola secondaria superiore o di una qualifica professionale di durata almeno triennale entro il 18° anno di età”, come sancito dalla legge emanata nel 2006.